O recém-nascido pode contrair uma infecção através da mãe antes do parto ou durante o mesmo. Depois do nascimento, a origem da infecção do recém-nascido costuma estar no berçário do hospital.

Ao nascer, o bebê passa de um meio asséptico dentro do útero da mãe, para outro cheio de microrganismos. O normal é que alguns destes microrganismos comecem a crescer no bebê. Efectivamente, a digestão normal depende da presença de certas bactérias que vivem no intestino durante a primeira infância. No entanto, alguns micróbios presentes no ambiente podem causar doenças. Os bebês prematuros são especialmente vulneráveis a certas bactérias prejudiciais porque o seu sistema imunitário ainda não está desenvolvido. Além disso, devem ser submetidos a mais tratamentos e procedimentos do que outros bebês e, portanto, correm maiores riscos de contraírem infecções.