Apesar do câncer de pele poder aparecer em qualquer parte do pênis, o ponto mais frequente é a cabeça, especialmente na base. Os homens circuncidados raramente sofrem de cancro da pele no pênis. Ao princípio, o câncer costuma manifestar-se como uma área avermelhada com feridas que não se curam em várias semanas, mas que, normalmente, são indolores. Habitualmente, este cancro é um carcinoma de células escamosas. Outros cânceres da pele no pênis, muito menos frequentes, são a doença de Bowen e a doença de Paget. O câncer extirpa-se cirurgicamente, juntamente com uma pequena área de tecido são que o rodeia. No entanto, o médico tenta salvar tanto tecido peniano quanto possível.

Outras formações no pênis podem ser causadas por uma infecção. Por exemplo, uma úlcera pequena, indolor, pode ser sinal de sífilis. As vesículas dolorosas, muito pequenas, têm frequentemente origem no herpes simples. Em casos muito raros, as bolhas, que com o tempo formam pequenas úlceras, podem ser causadas pela úlcera mole venérea. Um ou mais nódulos protuberantes e consistentes são, em geral, verrugas genitais (condilomas), provocadas por um vírus. As formações pequenas, consistentes e com depressões minúsculas (Molluscum contagiosum) são provocadas por outro vírus.