Por vezes o sistema imunitário não funciona correctamente, interpreta que os tecidos do corpo são estranhos e, como consequência, ataca-os, provocando uma reação auto-imune. As reações auto-imunes podem ser desencadeadas de várias maneiras:

Uma substância corporal que habitualmente fica estritamente confinada a uma área específica (e, por consequência, escondida do sistema imunitário) é libertada na circulação sanguínea. Por exemplo, o líquido do globo ocular limita-se, normalmente, às câmaras do olho. Se uma pancada no olho libertar aquele líquido para a corrente sanguínea, o sistema imunitário poderá reagir contra ele.

Uma substância corporal normal é alterada. Por exemplo, os vírus, os medicamentos, a luz solar ou as radiações podem modificar a estrutura de uma proteína até ao ponto de a fazer parecer estranha.

O sistema imunitário responde a uma substância estranha que tem uma aparência semelhante a uma substância natural do corpo e ataca involuntariamente tanto as substâncias do corpo como as estranhas.

Algo funciona mal nas células que controlam a produção de anticorpos. Por exemplo, os linfócitos B cancerosos podem produzir anticorpos anormais que atacam os glóbulos vermelhos.

Os resultados de uma reação auto-imune variam. É frequente o indivíduo ter febre. Vários tecidos podem ficar destruídos, tais como vasos sanguíneos, cartilagem e pele. Virtualmente todos os órgãos podem ser atacados pelo sistema imunitário, incluindo os rins, os pulmões, o coração e o cérebro. A inflamação e o prejuízo causado nos tecidos podem causar insuficiência renal, problemas respiratórios, funcionamento cardíaco anormal, dor, deformação, delírio e morte.

Um grande número de afecções têm, quase certamente, uma origem auto-imune, incluindo o lúpus (lúpus eritematoso sistémico), a miastenia grave, a doença de Graves, a tiroidite de Hashimoto, o pênfigo, a artrite reumatóide, a esclerodermia, a síndrome de Sjögren e a anemia perniciosa.